1、考试目的不同。“合格考”是检查全体高中学生是否达到了普通高中课程方案规定的基本学业要求，目的是“强化基础”;“选择考”是在“强化基础”的前提下，凸显不同高中生在学业修习上的学科特长，目的是“突出个性”。
2、考试科目不同。“合格考”覆盖国家课程方案规定的所有学习科目，共计14门。“选择考”是学生根据自身兴趣、志向、优势和普通高等学校招生要求以及普通高中办学条件，在“物理、历史”中选择1门学科、在“思想政治、地理、化学、生物学”中选择2门学科，共计3门学科参加考试。
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3、考试范围不同。“合格考”范围为各学科课程标准确定的必修课程内容，考试内容较少，试题难度相对较小。“选择考”科目考试内容以各学科国家课程标准为依据，2018年秋季入学的普通高中一年级学生，“选择考”内容为《普通高中课程方案(实验)(2003年版)》规定的必修课程和选修Ⅰ课程内容;从2019年秋季入学的普通高中一年级的学生起，全面实施《普通高中课程方案和语文等学科课程标准(2017年版)》，考试内容为该课程标准规定的必修课程和选择性必修课程内容;考试内容较多，试题难度也相对较大。
4、考试时间和考试机会不同。“合格考”中11门学科的笔试实行全科开考，每学年组织2次，高中生在校期间有多次考试机会。“选择考”从2021年开始实施，每年组织1次，时间安排在当年6月份全国统一高考时一并进行，普通高中学生在校期间只有1次考试机会，考试成绩当年有效。
5、成绩呈现和运用不同。“合格考”学科成绩呈现方式为“合格”和“不合格”。“选择考”中，首选学科成绩以原始分呈现;再选学科成绩通过分数转换规则转换后，以转换分呈现。“选择考”成绩当年有效。“合格考”成绩用于学生毕业和高中同等学力认定，“选择考”成绩用于高校招生录取。
