根据《国家发展改革委员会、财政部、教育部关于加强研究生教育学费标准管理及有关问题的通知》(发改价格【2013】887 号)，自 2014 年秋季学期起，高等学校向所有纳入全国研究生招生计划的新入学研究生收取学费，南京大学校具体收费标准参照教育部及江苏省研究生教育学费标准管理的相关规定执行。
1、全日制学术型研究生
按物价部门批准或备案标准收取，其中中美文化研究中心国际关系专业 4 万元/年(学制 2 年)，其他专业 8000 元/年。
2、全日制专业学位研究生
按物价部门批准或备案标准收取，其中金融硕士、法律硕士(非法学)、翻译硕士、出版硕士、图书情报硕士、文物与博物馆硕士、口腔医学硕士、临床医学硕士、护理硕士、城市规划硕士、生物与医药(制药工程)、材料与化工(化学工程、材料工程)、资源与环境(环境工程、地质工程)、电子信息(控制工程、光学工程、集成电路工程、电子与通信工程、微波与无线通信工程、计算机技术)、物流工程与管理、工业工程与管理等领域、建筑学硕士、教育硕士、国际商务硕士、法律硕士（法学）、社会工作硕士、汉语国际教育硕士、应用统计硕士等10000元/生·年；艺术硕士（MFA）-美术、电子信息（软件工程）20000元/生·年；艺术硕士（MFA）-戏剧28000元/生·年。
3、非全日制专业学位研究生
按物价部门批准或备案标准收取，其中会计硕士90000元/生·年；审计硕士80000元/生·年；工商管理 EMBA254000元/生·年；工商管理 MBA13000元/生·年；艺术硕士-戏剧30000元/生·年；艺术硕士-美术20000元/生·年；公共管理硕士29000元/生·年；金融硕士50000元/生·年；工程管理硕士50000元/生·年；法律硕士(法学)、法律硕士(非法学)25000元/生·年；新闻与传播硕士20000元/生·年；应用心理硕士35000元/生·年；图书情报硕士20000元/生·年。
