在水产养殖中，溴氯海因可以对水体进行消毒，并预防治疗由细菌和病毒所引起的水产动物疾病，在治疗的时候，应用水把该药剂稀释到3000倍以上后再全池泼洒，每天1次，严重时连续用2天，预防时的方法与用量相同，但是使用次数为每15天1次。需注意，在冬季与初春水温比较低的时候，应尽量少用溴氯海因，因为会降低使用效果，而且还要做到现配现用，防止药效被降低。
一、溴氯海因水产养殖用途
1、在水产中的用途
（1）溴氯海因可以对水环境进行消毒，以此来将病菌以及病毒消灭干净。
（2）溴氯海因可以预防以及治疗由细菌、病毒所引起的水产动物疾病，比如对虾的弧菌病。
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2、使用方法以及注意事项
（1）在进行治疗时，一般可以用水将溴氯海因稀释至3000倍以上，再全池泼洒使用，每天可以用1次，在病情严重时，一般可以连用2天。若是预防，使用方法和剂量相同，但是需要每15天使用1次。
（2）当水温低至5℃，PH值大于7，色度大于10°的时候通常会降低溴氯海因的杀菌效果，因为在冬季、初春水温比较低的时候，应尽量少用溴氯海因。
（3）应做到现配现用，避免药效降低，平时还应该将该药剂密封保存在遮光、阴凉处。
（4）不能用金属容器盛装溴氯海因的粉剂以及所配制的溶液，因为该药剂对于铝、铜、碳钢有腐蚀性，一般可以用不锈钢盛放，因为它对于不锈钢没有腐蚀性。
（5）如果水产动物出现了浮头现象，那么便不能够使用，若是给苗种使用，那么剂量应该减半。
（6）当水体呈碱性的时候，一般不宜使用该药剂，若水质比较清且透明度＞30cm时，剂量可以适当的减少。
二、溴氯海因和二溴海因的区别
1、分子式不同
（1）溴氯海因：C5H6BrClN2O2。
（2）二溴海因：C5H6Br2N2O2。
2、外观不同
（1）溴氯海因：一般为白色粉末。
（2）二溴海因：一般为白色或者淡黄色的结晶粉末。
3、熔点不同
（1）溴氯海因：159-163℃。
（2）二溴海因：196℃。
