芽孢杆菌可以净化养殖水体环境，芽孢杆菌产生的氯基氧化酶可降低血液及水体中氮氦、亚硝酸盐、硫化氢的浓度。苷孢杆菌具有很强的蛋白酶、淀粉酶等，可以降解饲料中的某些抗营养因子，提高饲料转化率。芽孢杆菌在肠道内繁殖，可以产生维生素、氨基酸、未知生长因子等营养物质，促进水产类动物生长。
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一、水产芽孢杆菌的作用与功效
1、水产芽孢杆菌产生的抗菌物质能防治多种植物病害，净化养殖水体环境；产生的氯基氧化酶等，可降低血液及水体中氮氦、亚硝酸盐、硫化氢的浓度；产生的抗菌物质具有广谱杀菌活性，对与食品有关的多种革兰氏阴性菌和阳性菌均有较强的杀菌作用，且一般具有良好的热稳定性，可用于防止巴氏杀菌后的再污染，还可用于防止热加工食品过程中其他细菌的污染，及食品发酵过程中的杂菌污染。
2、苷孢杆菌具有很强的蛋白酶、淀粉酶等，可以降解饲料中的某些抗营养因子，提高饲料转化率；芽孢杆菌在肠道内繁殖，可以产生维生素、氨基酸、未知生长因子等营养物质，促进水产类动物生长；芽孢杆菌产生的抗菌物质一般具有广泛的抑菌谱，能杀伤包括耐药菌株在内的细菌、某些真菌、寄生虫、部分病毒以及肿瘤细胞等。
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3、地衣芽孢杆菌和枯草芽孢杆菌的代谢产物聚-γ-谷氨酸可用于降解塑料，还可作为沙漠保水剂；多黏类芽孢杆菌产生的胞外多糖和胞外蛋白，可用作絮凝剂处理污水；侧孢短芽孢杆菌可以将4-羟基苯甲酸丙酯转变为龙胆酸，用于处理工业废水和降解环境中的有毒物质，如石油、多环芳烃、有机氯农药、有机磷农药。
二、芽孢杆菌的危害
1、大多数芽孢杆菌属细菌是无害的，但有一些对人和动物是有致病性的。一些菌株在食物中可产生耐热性毒素，该毒素与芽孢萌发有关，在被食入后1-5小时会出现呕吐症状。蜡样芽孢杆菌可引起食物中毒，症状与金黄色葡萄球菌食物中毒相似。
2、已知蜡样芽孢杆菌在免疫受损患者可引起菌血症以及其他症状如呕吐和腹泻，炭疽杆菌可引起人和动物炭疽；其他菌株产生不耐热肠毒素，在食入后10-15小时内引起腹泻。
