一般情况下，45-55天，白色菌丝长满整个栽培袋时，可转入子实体阶段管理，此期是决定产量及质量的关键时期，要严格控制环境条件，精心管理，促进子实体的形成和生长。这时管理中需要注意六点：
1．催菇。菌丝长满培养料后，要使其正常出菇达到理想的产量和质量，还要进行催菇。具体方法是：搔菌、降温和增湿。所谓搔菌就是将栽培袋口打开伸直，用消过毒的镊子或铁刷将接种块去掉。经过搔菌，子实体形成多而且整齐。经过搔菌后，应把温度降到10-12℃促进原基形成，同时要使空气相对湿度保持在85%左右，太低不利于大量菇蕾的发生，太高会给后期病害发生带来隐患，湿度不足时用超声波加湿器加湿。为了更好的保湿，可在栽培袋口上覆盖一层报纸，每天喷水2-3次。喷水要细，不能使报纸上积水，保持潮湿即可。一般经催菇3-5天后，料面上就会出现大量米粒状的菇蕾。
2．温度控制。金针菇属低温型菇类，耐寒性较强。子实体形成和生长的温度范围为5-18℃，在10-15℃时对于实体形成最为有利，低于8℃时子实体生长缓慢，高于18℃时子实体很难形成。总之，金针菇适合低温条件，在较低温度下十出菇整齐，菌柄长，产量高。
所以子实体原基形成后，要严格控制温度。室内温度最好控制在10-12℃。温度低于8℃时，子实体生长缓慢。但菇品质较好。温度高于15℃时，子实体生长迅速，极易开伞形成劣质菇。控制温度是通过揭盖草苫和通风换气进行的。冬季温度很低时，可以用增温设备，但注意煤烟等废气不能放到棚室内。
为了使出菇整齐，往往还要经过一个抑蕾或均育阶段。袋栽金针菇在割袋入出菇房后，应将温度降至8℃2-3天，使细嫩原基迅速吹干。待原基吹干变黄后，将温度调为12-15℃，促进原基再生，当再生原基形成后，将温度控制在6-9℃至子实体采收。
3．湿度控制。子实体生长期，培养料的湿度70%为宜，空气相对湿度为80%-90%。湿度过低则抑制菇体的生长，并使培养料失去过多的水分，空气相对湿度过高容易造成烂菇或发生杂菌和病害。子实体生长期间湿度应控制在80%-90%。每天要向空间和四壁喷雾状水2-3次。并保持地面常有水。切勿向菇体上喷水，以免子实体颜色变深，导致烂菇。在出菇期，水分管理也可以用五字经来概括。一保，当菌袋发满后，立即开袋搔菌，除去老菌皮，盖湿报纸或地膜进行保湿催蕾。二降，当菇营长到l-2厘米，即进入抑制生长时期，此时要减少或停止喷水，降低湿度。连续3-5天夜间打开门窗，让冷风进入降温散湿，把温度下降到8℃以下（以4-8℃）最好，湿度降到70%左右，使子实体受抑，生长整齐粗壮。三促，子实体长到3-4厘米，进入伸长期后，每天喷水4-5次。喷水量随菇体长大而增加，空气湿度控制在90%左右，同时适当通风，采取干湿交替来抑制菇盖增加和促使菇柄伸长。此阶段喷水要根据天气情况变化而变化，做到晴天适当多喷，雨天少喷，以防因用水过湿而发生根腐病、褐斑病。切忌将水喷洒到菇盖上。四补，菌袋在头潮菇采收后，含水量下降20%-30%，二潮菇采后下降30%-00%。因此，在第一、二潮菇采收后，要立即向搔过菌的菌袋内喷水补湿、其做法是：连续2-3天，每天0-3次直接朝袋内喷水，每次以菌袋表面湿润为宜，不可使袋内积水。为提高产量，可在水中加少量的尿素、白糖、磷酸二氢钾等，以补充养分。五浸，采收二潮菇后，菌袋的含水显已降到50%以下，此时可脱去塑料袋，将菌袋放在池水中浸泡（上加重物），待菌袋吸水恢复到原来开袋时的重量时捞起，稍晾干装入袋中。也可直接向袋内注水浸泡，待菌柱吸足水后，倒净袋内多余的水分，然后再将菌袋重新排放在床架上，盖湿报纸照常管理，这样还可采两潮菇。
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4．光线。子实体在黑暗条件下，也能形成和生长，但菇体弱小、纤细、生长缓慢。弱光能促进子实体的形成、生长和成熟{光线过强，则形成菌柄短、开伞早的劣质菇，因此，在实际生产，应采用遮光的办法，保持较弱光线，促进菌柄伸长和保持鲜嫩，达到优质高产的目的。弱光或阴暗条件是提高金针菇商品价值的措AA之一，如果光线强，会生长出质地老化，菌柄较短的劣质菇。若温室内需揭开草苫升温时，可将出菇袋上盖布帘、报纸等遮光。
5通风换气。在子实体发育阶段，需充足的氧气。在实际栽培中提高菌柄长度和抑制菌盖发育，必须通过减少通风，增加二氧化碳浓度，才能培育出菌柄粗，盖小的优质菇，但二氧化碳浓度超过5%时，子实体不能形成。出菇期要控制菇房的通风换气，使其积累一定浓度的二氧化碳(01%～0.5%)，以利于菌柄伸长和抑制菌盖开伞。一般每天通风1次，每次10-20分钟。冬季可2-3天通风1次，每次20分钟。傍晚以后通风，夜间进行最好。
6．采收。要想获得高产优质的金针菇，必须做到适时采收。采收过早，幼菇还未完全伸长，会影响产量；采收过晚，菇体老化且菌盖开伞，虽可增加产量，但品质差。一般当菌柄充分伸长，菌柄长15厘米，菇盖直径0.8-1.2厘米，呈半球时采收最为适宜。采收的前3天，为提高白金针菇的洁白程度，应将空气湿度下降至80%以下。采收时，一手按住栽培袋口，一手轻轻抓住子实体拨下，剪去菌柄基部所带的培养料部分。采收后要把培养料上散乱的小菇、死菇、腐根及老化的菌块全部清理干净。如袋内失水，要进行补水再覆盖报纸养菌，经过10-15天便可采收第二潮菇。采两潮菇后，可喷洒0.1%-0.2%蔗糖水和0.1%-0.2%尿素配成的营养液，促使第三、四潮菇的生长。
