1、人为加入的化学物质：非法使用违禁药物，不按规定正确使用饲料药物添加剂，和过度添加微量元素。2、饲料生产过程中化学物质：饲料在加工、生产、运输、贮藏过程中，容易受到环境中化学物质的污染。3、微生物对饲料的污染：饲料发霉和沙门氏菌、大肠杆菌、麦克风病毒等致病微生物污染。
一、人为加入的化学物质对饲料的污染
1、非法使用违禁药物：
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（1）农业部于1998年发布了《关于禁止非法使用兽药的通知》，之后发布了更具体的禁止药品品种的通知。强调严禁在饲料和饲料产品中添加未经农业部批准的兽药品种。
（2）但是，一些饲料加工和家畜养殖制造商受利益驱动，催眠镇静剂、荷尔蒙和荷尔蒙等违法药物被非法使用，这些药物在家畜产品中超标，严重影响人体健康。1998年，香港居民因食用禁药盐酸克伦物罗超标猪内脏而中毒。对我国对外贸易出口工作产生了不良影响。
2、不按规定正确使用饲料药物添加剂：
（1）1997年，中国农业部发布了《允许饲料添加剂的兽药品种和使用规定》，明确规定了饲料添加剂的适用动物、最低使用量、最高使用量和停药期、注意事项和配伍禁忌等。
（2）但是，有些制造商不严格执行这项规定，往往超额添加，或者不遵守停止期和某些药物在产蛋期间禁用的要求，这种药物的残留超过标准，影响人体健康。
3、过度添加微量元素：高铜或高锌对家畜的生长有一定的促进作用，但过度使用会导致家畜肝大量沉积，影响人类健康，另一方面，这种要素随粪便排泄到环境中，对环境造成一定的污染，最终影响该环境生长的植物和人类健康。
二、饲料生产过程中化学物质对饲料的污染
饲料在加工、生产、运输、贮藏过程中，容易受到环境中化学物质的污染。植物饲料在生长过程中，可以富集土壤中的重金属要素，残留一定量的农药，动物性饲料原料在加工过程中可能受到二恶英等化学物质的污染，这种物质可以通过家畜产品进入人体，积累到一定浓度时会引起很多人体病变。
三、微生物对饲料的污染
1、饲料发霉。饲料霉菌不仅降低了饲料的营养价值，而且霉菌的代谢产物，如黄曲霉素B1、霉菌麦毒素等对人和动物有很强的致病性。
2、沙门氏菌、大肠杆菌、麦克风病毒等致病微生物污染。这种致病性强的病原微生物可以通过饲料致病畜禽，严重危及人类健康。例如，一些反哺动物肉骨粉中阮病毒引起的疯牛病，震惊了整个世界。
