《房屋征收与补偿条例》规定了对违法建筑及超过批准期限的临时建筑，不予补偿，这一规定遏制了违法建筑的蔓延，减少了违建现象的存在;但具体实践时，相关机关却跳过无证房屋的调查、认定环节，直接将无证房屋界定为违法建筑，在征收时不予补偿，侵害了公民的权益。
因此在具体征收时，应该严格依照相关规定，先对无证房屋进行调查、认定。
(一)认定的依据
目前各级人民政府及相关机关认定违法建筑的主要依据是《城乡规划法》和《土地管理法》，建筑物是以土地为依托的，如果土地使用权不合法，其上面的建筑也是不符合相关规定或缺乏相关手续及建房的依据，因此对于违法建筑在调查是应该先通过《土地管理法》确定土地使用是否合法，若土地取得程序合格且有使用权证，则需要依据《城乡规划法》确定该建筑的建造者在建房时或建成后取得了建设用地规划许可证及建设工程规划许可证，及是否依照该规划许可证建房。
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同时，出现在公路、铁路、文物保护等附近建房时，还需要符合公路法、铁路法、环境保护法等相关法律的规定，因此在认定违法建筑时，应该充分考虑相关实体法的具体规定。
在确定违法建筑的认定依据时，应该依据违法建筑建造时的法律，而不能依照调查认定时的规定，因为相关机关不能要求公民在建造时就预见到政策的变更。
(二)认定的主体
被征收的房屋是否属于违法建筑必须由法律授权的相关机关界定，因为这是与公民利益密切相关的，如果不对认定机关限制，就会出现随意认定违法建筑的乱象。
我国现行法律中对违法建筑的认定主体有规定的主要有：《房屋征收与补偿条例》中规定由市、县级人民政府组织有关部门对违法建筑进行调查认定，《城乡规划法》中明确由县级以上人民政府及其城乡规划主管部门对违反城乡规划法律法规的行为进行调查、监督检查;《土地管理法》中规定由县级以上人民政府土地行政主管部门对违反土地管理法律法规的行为进行监督检查。
对于公路法、铁路法、环境保护法中对违法建筑有规定的则由其管理机关认定，这样可以让各机关在其管理范围内认定违法建筑，防止滥认定现象的发生，尽可能维护公民的合法权益。
对于违法建筑的认定，相关机关应严格依照法律规定的认定程序，在法律授权的范围内行使。
这样既可以遏制违法建筑的蔓延，也可以降低公民的损失，增加政府及相关机关的公信力。
