一、新三板摘牌后协议持股怎么清算
通过股权回购的方法可以对股票进行清算。公司一旦宣布破产将注销登记，公司代码作废，被摘牌，公司经营将终止；清理家产整个公司还值多少钱，统计后先把公司债务还清，剩余的资金先分配给优先股东，也就是那些大股东后，最后的就是二级市场的中小股东，能分一点是一点，直接转给每个中小股东。
新三板股票主动摘牌的公司对异议股东需安排保护措施，例如：回购股权、股权并购等方式。对于被强制摘牌的公司，其控股股东和主办券商可设立专门基金对股东进行补偿。
摘牌后的股票会进入三板市场交易，三板市场目前可以分为老三板和新三板，从主板退市的股票会进入老三板。假如投资者持有摘牌的股票，那么投资者需要去证券公司进行确权，并且开通三板交易权限，等股票正式进入三板市场后，投资者可以在三板市场进行交易。
新三板摘牌后持有的股票可以获得保护措施与赔偿，根据相关规定，新三板股票主动摘牌的公司对异议股东需安排保护措施，例如：回购股权、股权并购等方式。对于被强制摘牌的公司，其控股股东和主办券商可设立专门基金对股东进行补偿。
二、股权转让纠纷的管辖法院是哪里
股权合同纠纷由被告住所地或合同履行地人民法院管辖。如果合同没有实际履行，当事人双方住所地又都不在合同约定的履行地的，应由被告住所地人民法院管辖。同时，法律赋予当事人协议约定管辖法院的权利，即合同的双方当事人可以在书面合同中协议选择被告住所地、合同履行地、合同签订地、原告住所地、标的物所在地人民法院管辖，但不得违反民诉法对级别管辖和专属管辖的规定。
在股权转让协议纠纷中，如果双方当事人对管辖法院有约定且约定有效的，应适用其约定，没有约定或约定不明，应适用法律规定，即由被告住所地或合同履行地人民法院管辖。
对于被告所在地，人们一般不会有歧义。而对于股权转让的合同履行地，应为股权转让的目标公司的公司注册地。因为，公司股权转让纠纷的特殊性在于转让行为需要向公司注册地的登记机构履行相应手续方可完成(如果是外资企业，在工商变更之前还需要商务主管部门的批复，否则股权转让合同不生效)，因此，以公司注册地作为此类案件的管辖地也是国际上通行的做法。
新三板被摘牌之后，可以采用回购股权，股权并购的方式进行清算。签订股权转让协议出现纠纷，若是在协议中双方当事人对管辖法院有明确的约定，并且约定有效的，需要按照约定执行；没有约定或约定不明，可以由被告住所地或合同履行地人民法院管辖。
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