一、怎么认定商标软件著作权管理手册侵权?
(1)有侵权的事实。即行为人未经著作权人许可，不按《著作权法》规定的使用条件，擅自使用著作权人的作品，以及表演、音像制品和广播电视节目。
(2)行为具有违法性。著作权是一种绝对权，任何人都负责有不能侵犯该项权利的不作为义务。
(3)行为人主观有过错。所谓过错，是指侵权人对其侵权行为及其后果所抱的心理状态，包括故意和过失两种形式。
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二、著作权侵权怎么处理?
1、自行协商
如果双方能在侵权行为发生之后和解，则既可以使著作权人迅速有效地实现和维护自己的权益，也可以使侵权人避免声誉的损害。不愿意协商或者协商不成，当事人可以直接向法院提起民事诉讼。
2、调解
是双方当事人在第三人的协助下协商解决纠纷调解人的范围十分广泛，双方可以选择著作权行政管理机关、人民调解委员会、律师等双方信任的机关或者个人来主持调解。但调解必须建立在自愿原则的基础上，只要有一方不愿意进行调解，则不可以强行调解。调解的目的在于促成双方达成一致协议，但调解协议没有法律执行力，只要一方反悔，则调解协议就失去效力。调解不是解决著作权纠纷的必经程序，当事人愿意调解、达不成调解协议或调解后反悔的，都可以直接向法院起诉。
3、仲裁
双方当事人可以根据达成的书面仲裁协议或者著作权合同中的仲裁条款，向仲裁机构申请仲裁。仲裁往往仅限于合同纠纷，而且提请仲裁必须有书面协议或书面的仲裁条款。当事人之间有效的仲裁协议是排除法院的管辖权的，而且仲裁庭作出的仲裁裁决为终局裁决，裁决作出后，当事人就同一著作权纠纷再申请仲裁或向人民法院起诉，促裁委员会或者人民法院不会受理。仲裁作出的裁决是具有法律效力的，当事人应当履行。当事人一方不履行仲裁定的，另一方可以申请人民法院强制执行。如果人民法院认为仲裁裁决有法定不应执行的情形的，当事人双方可以重新达成仲裁协议并依据该仲裁协议申请仲裁，也可以直接向人民法院提起诉讼。
因此如果一个商标软件的管理手册已经申请了著作权，那么没有经过著作权人的允许是不能够擅自随意使用和更改的。但是管理手册其中的一些内容可能是属于大众都知道的内容，所以侵犯的著作权通常是针对该管理手册的独家内容，如果对这一部分进行了传播，那么都可以告其侵权。
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