(一)概念区别
商业秘密是企业的财产权利，它关乎企业的竞争力，对企业的发展至关重要，有的甚至直接影响到企业的生存。商业秘密等知识产权可申请紧急保全。
专利一般是由政府机关或者代表若干国家的区域性组织根据申请而颁发的一种文件，这种文件记载了发明创造的内容，并且在一定时期内产生这样一种法律状态，即获得专利的发明创造在一般情况下他人只有经专利权人许可才能予以实施。在我国，专利分为发明、实用新型和外观设计三种类型。
(二)保护制度设立目的不同
商业秘密是秘不示人的秘密武器，通过《反不正当竞争法》保护，目的侧重于维护公平竞争。
专利是国家授予的一项合法垄断权，通过《专利法》保护，目的侧重于鼓励创新。
(三)保护范围不同
从对两者的概念分析可以看到，商业秘密所涵盖的保护范围较为广泛，包括技术信息及经营信息。只要当信息不能被归为“发明、实用新型和外观设计”时均可以作为商业秘密保护，包括但不限于设计方案、可获得专利权的装置或工艺手法，甚至可以是研发过程中的试验记录或是任何将来具有价值的其他信息。
专利的保护范围具有一定的局限性，至少有一部分信息是需要公开的，比如说明书、附图、具体实施方式等。
(四)取得方式及成本不同
专利权基于申请的并经过行政机关公告授权取得，授予专利权的发明和实用新型应当具备新颖性、创造性和实用性并应当在授予专利权后向社会公开。发明专利的期限为二十年，实用新型和外观设计的期限为十年(外观设计有望改为15年)，期满需要缴费来续期。
商业秘密的取得无需行政机关审批，只要该信息符合秘密性、保密性和价值性即可(特别说明，新颖性不是商业秘密的构成要件，新颖性是专利制度中的法律概念和专利有权需要符合的条件之一，并不能套用到商业秘密制度上。)，核心技术信息所有人自行采取保密措施。此外，商业秘密没有期限限制，只要拥有者一直持续把某信息当商业秘密对待，该信息从产生之日起立即生效，而且可以一直持续拥有商业秘密的身份，而无需去向任何机构申请登记也无需缴纳任何费用。但看似无须官方成本，而根据“免费的才是最贵的”理论，企业通常为了维护商业秘密需要采取一系列保密措施，这些措施的花费可能是上无封顶的。
(五)公开后果不同
专利的取得是以公开为前提，是通过公开后取得权利保护。而商业秘密一旦公开，就不再受到保护了。
(六)侵权判定原则不同
专利侵权通过判断被控侵权技术方案是否落入专利权保护范围来认定，主要是运用相同侵权或等同侵权等原则，被诉侵权技术方案的技术特征与权利要求记载的全部技术特征相比，缺少权利要求记载的一个以上的技术特征，或者有一个以上技术特征不相同也不等同的，人民法院应当认定其没有落入专利权的保护范围。
商业秘密侵权判定的原则主要是相同或者实质相似+接触-合法来源，与专利侵权判定不同的是需要判断被控侵权人是否实际或可能接触过权利人的商业秘密。
