补充侦查后发现新的罪行的，应当立案侦查(并案)，同时，自发现之日起依照《刑事诉讼法》第一百五十四条的规定重新计算侦查羁押期限。全案不受补充侦查时限的限制。犯罪嫌疑人不讲真实姓名、住址，身份不明的，应当对其身份进行调查，侦查羁押期限自查清其身份之日起计算。
首先，公安机关会视情况对其进行刑事拘留，三日提请检察院批捕，可以延长一至四日，检察院一般会在七日内决定是否批准逮捕，如果是流窜作案、结伙作案或多次作案的重大嫌疑分子，提请批捕的时候可以延长至一个月，也就是说刑事拘留一般是十多天，最长是三十七天。
逮捕后的侦查期限一般不得超过二个月，案情复杂的案件，可以经上一级人民检察院批准延长一个月。如果是交通不便地区、重大的犯罪集团案件、流窜作案等可经省级检察院批准再延长二个月。
补充侦查对检察院来说只能两次，到法院审理期间，如果起诉证据不足，法院应该可以做出无罪判决，但是实践中检察院认为自己起诉证据有问题，会撤回起诉，变更强制措施，案件退还公安机关处理，如果公安机关没有新的证据，会在一定的期限内做成撤销案件的处理，
补充侦查期间属于继续侦查阶段。
所谓补充侦查，是检察院在审查起诉过程中，发现案件中存在犯罪事实不清、证据不足或者遗漏罪行、遗漏同案犯罪嫌疑人等情形，有必要退回公安机关补充侦查，收集需要证据的情形，该阶段属于继续侦查阶段，而不是审查起诉阶段。
补充侦查，时间为一个月，检察院再审查的时间也是一个月，原则可以退侦两次。
补充侦查完毕，移送人民检察院后，人民检察院重新计算审查期限。
补充侦查是检察机关根据对公安机关提交的相关证据和犯罪事实认定后发生证据不全或者犯罪事实认定有错误的情况下，依法将诉讼案件退回公安机关要求进行补充侦查的行为，在司法实践中，如果在补充侦查的过程中，发现了新的犯罪事实，则应当立即对当事人进行逮捕并根据法律规定进行依法审查判罚。
如果在补充侦查时又发现了新罪，那么公安部会对嫌疑人进行拘留，然后向法院或者检察院递交材料申请批捕，等法院或者检察院审核过后下达批捕令然后公安部进行逮捕，逮捕并不是一定会收监，逮捕后首先进行二十四小时以内的讯问，如果证实确实有新罪才做出定论。
