1、罪与非罪的界限
司法实践中，在认定某种行为是否构成暴力危及飞行安全罪时，主要是把握该行为是否具有相当严重的社会危害性，是否具有本罪的构成要件，是否危害或足以危害飞行安全。如果行为人对正在飞行中的航空器上的人员使用的不是暴力行为而是胁迫或其他行为;或者行为人不是对航空器上的人员使用暴力，而是对航空器以外的人员或航空器本身施用暴力或强力;或者行为人乃是对正在飞行中的航空器上的人员使用暴力，而是对停机待用的航空器上的人员使用暴力;或者行为人是对正在飞行中的航空帮上的人员使用暴力，但不足以危及飞行安全的，则均不构成本罪为了制止飞行中的航空器上正在进行的不法侵害行为如劫持航空器的犯罪行为等，行使正当防卫权利的，即使是对不法侵害行为人使用暴力，且有可能危及飞行安全的，也不构成本罪。因为且当防卫行为不仅不具有社会危害性，而且是对社会有益的行为。
本罪与破坏交通工具罪的界限
本罪和破坏交通工具罪都是故意犯罪，并且都有可能危及飞行安全，但区别是明显的：(1)犯罪对象不同。本罪的犯罪对多为航空器上的人员，包括机组人员、乘客和其他任何人员;交通工具罪的犯罪对象为交通工具本身，如破坏航空器的发动机等。(2)犯罪客观方面不同。本罪是对正在飞行中的航空器上的人员使用暴力;破坏交通工具罪在时间上为正在使用中的航空器，包括航空器停机待用的，且手段也不限于暴力。
2、本罪与劫持航空器罪的界限
暴力危及飞行安全罪和劫持航空器罪侵犯的都是航空器的飞行安全，且一般都是在飞行中的航空器内实施的。两者的主要区别是：
(1)主观方面不同。劫持航空器罪的犯罪行为人对航空帮上的人员使用暴力，其目的在于劫持航空器;本罪的犯罪行为人对正在飞行中的航空器上的人员使用暴力，只有危及民用航空器飞行安全的故意，而无劫持航空器的故意和目的。
(2)客观方面表现不同。暴力危及飞行安全罪的犯罪行为人是对正在飞行中的航空器上的人员使用暴力，其犯罪行为只能发生在正在飞行中的航空器内，犯罪对象是航空器上的人员，犯罪手段仅限于暴力;而劫持航空器罪的犯罪行为人是对正在使用中或正在飞行中的航空器本身和机上人员使用暴力、胁迫或其他方法，其包括正在使用中如停机待用的航空器，犯罪对象包括对航空器本身和机上人员，犯罪手段也不限于暴力。
(3)构成犯罪的要求不同。暴力危及飞行安全罪的犯罪行为人对正在飞行中的航空器上的人员使用暴力，必须危及飞行安全;劫持航空器罪的犯罪行为人只要实施了劫持行为即构成犯罪。当然，如果行为人出于劫持航空器的目的，对正在飞行中的航空器上的人员如驾驶员使用暴力，危及飞行安全的，则是一行为同时触犯两个罪名，属于想象竞合犯，即对正在飞行中的航空器上的人员使用暴力的行为，既触犯了暴力危及飞行安全罪的罪名，又触犯了劫持航空器罪的罪名，属于想象竞合犯，应从一重罪即劫持航空器罪论处。
3、本罪与重大飞行事故罪的界限
重大飞行事故罪是指航空人员违反规章制度，致使发生重大飞行事故，造成严重后果的行为。两者的区别是：
(1)犯罪主体不同。暴力危及飞行安全罪的犯罪主体是一般主体，任何处于正在飞行中的航空器上的人员包括机组人员和乘客都可成为该罪的犯罪主体;重大飞行事故罪的犯罪主体是特殊主体，即只能是航空人员包括从事航空活动的空勤人员和地面人员。
(2)主观方面不同。暴力危及飞行安全罪只能由故意构成;重大飞行事故罪行为人在主观上只能是过失。
(3)客观方面不同。暴力危及飞行安全罪表现为行为人对正在飞行中的航空器上的人员使用暴力，危及飞行安全的行为;重大飞行事故罪则表现为航空人员违反规章制度，因而发生重大飞行事故造成严重后果的行为。
(4)对严重后果的要求不同。构成重大飞行事故罪必须造成严重后果。暴力危及飞行安全罪并不以发生严重后果为构成要件。
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