西瓜枯萎病病原孢子的生存期长，目前尚无理想防治药剂，各国采取了不同的防治措施，如日本采用以嫁接换根为主的方法，我国则贯彻以加强栽培管理方法为主，以轮作倒茬、选用抗病耐病品种、合理灌水为中心，药剂防治为辅的综合防治措施，近几年采用嫁接换根防治西瓜枯萎病的栽培面积日益扩大。
1)严格轮作制。如采用水旱轮作，间隔期应在3年以上，采用旱地轮作，间隔期应在7年以上。
2)选用抗病耐病品种。选用抗病品种是防治西瓜枯萎病的有效措施，西瓜栽培品种中，一般四倍体西瓜比二倍体西瓜抗病性强。目前，较抗西瓜枯萎病的品种有：郑抗1号、郑抗2号、郑抗3号、郑抗4号、京抗2号、京欣3号、抗病冠龙、西农8号等。
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3)选用无病种子和种子处理。应选用无病地块或无病植株上的瓜留种。带菌种子可用55℃温汤浸种半小时，也可用甲醛100倍稀释液浸种30分，或用50%多菌灵500倍稀释液浸种60分，用升汞l000倍液浸种5-10分。用甲醛或升汞液浸种后，要将种子用清水洗净，然后催芽。
4)土壤处理。种植前最好选用无病土壤，土壤深翻晒垡，重茬田采取移沟法对阴阳土进行交换。酸性土壤可施用消石灰或喷洒石灰水。
5)嫁接防病。瓜类枯萎病有明显的寄主专化性。利用砧木进行嫁接栽培，可有效地防止枯萎病的发生。日本已较早在生产上应用嫁接栽培来回避枯萎病。西瓜嫁接常用的砧木有：瓠瓜、野生西瓜、黑子南瓜等。通过试验和生产实验证明，瓠瓜砧与西瓜嫁接亲和性较好，嫁接苗成活率高；嫁接的方法有靠接、劈接、顶插接等。
6)加强栽培管理。选择地势平坦、排水良好的地块种瓜，在瓜苗生长期中要加强中耕锄草，以促进瓜苗的生长。应避免施用带菌的堆肥或厩肥，更不应施新鲜的有机肥。要注意氮磷钾三要素的合理配合，不应偏施氮肥，以利植株生长健壮，增强抗病能力。特别在将近结瓜期更要控制氮肥施用量，如果此时用氮肥过多，则会引起徒长，容易诱发枯萎病。对酸性土壤，每亩要施IOO-150千克石灰，以降低酸度，这样还有利于病株残根腐烂、分解，消灭病原菌。总之，良好的栽培条件，能使植株生长健壮，会明显减轻病情，甚至完全不发生枯萎病。
7)药剂防治。在发病初期可用70%甲基托布津500-1000倍药液灌根，每株用药250毫升左右。用敌克松原粉1份加面粉20份调糊涂于病株茎部，也有一定效果。
8)交叉保护法。是在寄主上接种一个致病力弱的菌株，由于该菌株与致病力强的菌株的拈抗作用，使得致病力强的菌株侵染病体时降低或丧失致病力的一种防病技术。山东农业大学研究，制成的F86-15菌剂，在西瓜播种时用来浸种或穴施，可有效地控制西瓜枯萎病。
