引起神经病变
维生素B6缺乏者可出现虚弱、无表情、精神萎靡、嗜睡、忧郁、失去责任感、神经质、易激惹，少数有感觉型周围神经病变，继之发生运动功能欠佳、步履困难、体重下降，婴儿可出现抽搐。
维生素B6对女性的作用更明显，特别是口服避孕药的女性，避孕药的激素样作用可降低维生素B6浓度，增加机体对维生素B6的需要量，从而改变脑内神经递质代谢，引起精神抑郁症状。
另外，女性在怀孕期间对维生素B6的需求量大量地增加，而孕妇所出现的一些异常，例如恶心、异味、贫血、头疼、精神紧张、腿脚抽筋、痔疮、水潴留或水肿甚至惊厥性抽搐，只要补充维生素B6，症状就能得以改善。
引起皮肤炎症
缺乏维生素B6会引起脂溢性皮炎，常见于眼、鼻以及口腔周围的皮肤，并可扩展至面部、前额、耳后、阴囊及会阴处。临床表现为唇干裂、舌炎、口腔炎症;颈项、前臂和膝部出现色素沉着。
华州立大学医学院的医生们对年轻犯人做过一项维生素B6缺乏的研究，虽然年轻犯人们的饮食中除了维生素B6外含有充足的各种营养素，但仅仅在一周之后，这些志愿者就出现了头疼、严重的口臭、易怒、头昏眼花、极度紧张、无生气和注意力无法集中等症状。所有志愿者都出现贫血、恶心和异味，产生大量头皮屑，另外还出现嘴唇、口腔和舌头疼痛。当他们的眉毛和头发出现脂溢性皮炎时，他们的手也会变得干燥、触痛和疼痛。虽然他们一直昏昏欲睡，但却无法入睡。所有症状一直持续且不断加重。即使每天给他们补充600毫克维生素B6，他们的精神紧张和头疼症状也得在4～6周之后才能消除。
降低免疫力、增加感染风险
患者免疫力降低，易发生感染，尤为泌尿生殖系统感染。亦可发生小细胞低血素性贫血和巨成红细胞性贫血。
儿童出现维生素B6缺乏对机体造成的影响较成人大，6个月以内的婴儿出生后如喂养食物中缺乏维生素B6，可显示神经过敏、兴奋增多及频繁的全身性抽搐，导致抑郁、嗜睡、智力迟钝、振动觉及位置觉消失。另外，常伴有一些胃肠道症状。如恶心、呕吐、腹泻等。
